 |
Dr hab. Anna Ochab-Marcinek
|
Kontakt
e-mail: ochab@ichf.edu.pl
tel: +48 22 343 3399 fax: +48 22 343 3333, +48 22 632 5276 pokój: 201
Adres pocztowy:
Instytut Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk ul. Kasprzaka 44/52 01-224
Warszawa
|
Zainteresowania naukowe
- Modelowanie ewolucji biologicznej
- Stochastyczna ekspresja genów
- Dyfuzja w zatłoczonym środowisku
Publikacje
- J. Jędrak, M. Rubin, A. Ochab-Marcinek, Generalization
of Powell's results to population out of steady state, Physical Review E 108 (2),
024405 (2023) [arxiv preprint]
- J. Jędrak, A. Ochab-Marcinek, Contributions to the 'noise
floor' in gene expression in a population of dividing cells, Scientific Reports, 10,
13533 (2020)
- J. Jędrak, M. Kwiatkowski, A. Ochab-Marcinek Exactly solvable model of
gene expression in proliferating bacterial cell population with stochastic protein
bursts and protein partitioning,
Phys. Rev. E, 99 (2019) 042416 [arxiv preprint]
-
Hill kinetics as a noise filter: The role of
transcription factor autoregulation in gene
cascades, Phys. Chem. Chem. Phys., 2017, 19, 22580-22591
- G. Angulo, J. Jędrak, A. Ochab-Marcinek, P. Pasitsuparoad, C. Radzewicz, P.
Wnuk, A. Rosspeintner, How
good is the generalized Langevin equation to describe
the dynamics of photo-induced electron transfer in
fluid solution? , J. Chem. Phys. 146 (2017) 244505 [arxiv preprint]
- J. Jędrak, A. Ochab-Marcinek,
Influence of gene copy number on self-regulated gene
expression, J. Theor. Biol., 408 (2016) 222 [arxiv
preprint]
- J. Jędrak, A. Ochab-Marcinek,
Time-dependent solutions for a stochastic model of gene
expression with molecule production in the form of a
compound Poisson process, Phys. Rev. E 94 (3) (2016) 032401 [arxiv preprint]
- T. Kalwarczyk, K. Sozanski, A. Ochab-Marcinek, J. Szymanski, M. Tabaka, S. Hou,
R. Hołyst,
Motion of nanoprobes in complex liquids within the
framework of the length-scale dependent viscosity
model, 2015, Advances in Colloid and Interface Science, 2015, 223, 55-63.
- A. Ochab-Marcinek, M. Tabaka,
Transcriptional leakage versus noise: A simple
mechanism of conversion between binary and graded
response in autoregulated genes, Phys. Rev. E, 2015, 91(1), 012704 [arxiv preprint]
- K. Sozanski, A. Wisniewska, T. Piasecki, K. Waszczuk, A. Ochab-Marcinek, T.
Gotszalk,R. Hołyst,
Depletion Layer in Polymer Solutions at an Interface
Oscillating at the Subnano-to Submicrometer Scale, Soft Matter 2014, 10,
7762-7768
[ free
accepted manuscript - please note that according to
the RSC license, this pdf copy may not be further made
available or distributed]
- T.K.Piskorz, A. Ochab-Marcinek,
A
Universal Model of Restricted Diffusion for
Fluorescence Correlation Spectroscopy, J. Phys. Chem. B, 2014, 118 (18), 4906–4912
- A. Lewandrowska, A. Majcher, A. Ochab-Marcinek, M. Tabaka, R. Hołyst, Taylor
Dispersion Analysis in Coiled Capillaries at High Flow
Rates, Anal. Chem., 2013, 85 (8), 4051–4056
- A. Ochab-Marcinek, S.A. Wieczorek, N. Ziębacz, R. Hołyst,
The effect of
depletion layer on diffusion of nanoparticles in
solutions of flexible and polydisperse polymers
, Soft Matter 2012, 8, 11173-11179
[please note that according to the RSC license,
this pdf copy may not be further made available or
distributed]
- A. Ochab-Marcinek, R. Hołyst,
Scale-dependent
diffusion of spheres in solutions of flexible and rigid
polymers: mean square displacement and autocorrelation
function for FCS and DLS measurements
, Soft Matter 2011, 7, 7366-7374
[please note that according to the RSC license,
this pdf copy may not be further made available or
distributed]
- A. Ochab-Marcinek, M. Tabaka, Bimodal gene expression
in noncooperative
regulatory systems , PNAS 107(51) (2010) 22096-22101
- A. Ochab-Marcinek, Extrinsic
noise passing through a Michaelis-Menten reaction: A
universal response of a genetic switch, J. Theor. Biol. 263(4) (2010) 510-520 [arxiv
preprint]
- A. Ochab-Marcinek, E. Gudowska-Nowak, E. Nasonova, S. Ritter, Modelling radiation-induced cell cycle
delays, Rad. Env. Biophys. 48(4) (2009) 361 [arxiv
preprint, the original
publication is available at www.springerlink.com]
- A. Ochab-Marcinek, G. Schmid, I. Goychuk, P. Hanggi, Noise-assisted spike propagation in
myelinated neurons, Phys. Rev. E 79, 011904 (2009) [arxiv preprint]
- A. Fiasconaro, A. Ochab-Marcinek, B. Spagnolo, E. Gudowska-Nowak, Monitoring noise-resonant effects in
cancer growth influenced by external fluctuations and
periodic treatment, Eur. Phys. J. B 65, 435-442 (2008) [arxiv preprint]
- Anna Ochab-Marcinek, Predicting the asymmetric response of a
genetic switch to noise, J. Theor. Biol. 254 (2008) 37-44 [arxiv preprint]
- B. Spagnolo, A.A. Dubkov, A.L. Pankratov, E.V. Pankratova, A. Fiasconaro, A.
Ochab-Marcinek
Lifetime of Metastable States and Suppression of Noise
in Interdisciplinary Physical Models. Acta Physica Polonica B 38(5) 2007, 1925.
- Anna Ochab-Marcinek, Alessandro Fiasconaro, Ewa Gudowska-Nowak, Bernardo
Spagnolo,
Coexistence of resonant activation and noise-enhanced
stability in a model of tumor-host interaction:
Statistics of extinction times. Acta Physica Polonica B 37(5) 2006, 1651.
- Alessandro Fiasconaro, Bernardo Spagnolo, Anna Ochab-Marcinek, Ewa Gudowska-
Nowak,
Co-occurrence of resonant activation and noise-enhanced
stability in a model of cancer growth in the presence
of immune response. Physical Review E 74, 041904 (2006)
[arxiv preprint]
- Anna Ochab-Marcinek: Transient pattern formation in a
stochastic model of cancer growth, Fluctuation and Noise Letters 5(2) (2005)
L331
[arxiv preprint]
- Anna Ochab-Marcinek: Pattern formation in a stochastic model
of cancer growth , Acta Physica Polonica B 36(6) (2005) 1963
[arxiv preprint]
- Anna Ochab-Marcinek, Ewa Gudowska-Nowak: Population growth and control in
stochastic models of cancer development, Physica A, 343 (2004) 557-572
[arxiv preprint]
Zespół doradczy ds. COVID-19 przy Prezesie PAN
Od 30 czerwca 2020 do 31 grudnia 2022 byłam członkinią interdyscyplinarnego zespołu ds. COVID-19 przy Prezesie
Polskiej Akademii Nauk. Naszym zadaniem było monitorowanie
przebiegu epidemii w Polsce, analizowanie możliwych scenariuszy i formułowanie zaleceń.
Nawiązywaliśmy też współpracę z podobnymi grupami w innych krajach w celu wymiany doświadczeń.
Nasze stanowiska
Archiwum moich analiz danych epidemiologicznych. Patrz też
GitHub.
Publikacje (nierecenzowane):
-
J. Duszyński, A. Afelt, A. Ochab-Marcinek, R. Owczuk, K. Pyrć, M. Rosińska, A. Rychard,
T. Smiatacz, Zrozumieć
COVID-19, ACADEMIA - magazyn Polskiej Akademii Nauk 4 (64) 2020 pp. 1-80, DOI:10.24425/academiaPAN.2020.136169
-
J. Duszyński, A. Afelt, A. Ochab-Marcinek, R. Owczuk, K. Pyrć, M. Rosińska, A. Rychard,
T. Smiatacz, Understanding
COVID-19, ACADEMIA - The magazine of the Polish Academy of Sciences 4 (68) 2020
pp. 1-80, DOI:10.24425/academiaPAS.2020.136172
-
J. Duszyński, A. Afelt, M. Kossowska, A. Ochab-Marcinek, R. Owczuk, W. Paczos, A.
Plater-Zyberk, K. Pyrć, M. Rosińska, A. Rychard, T. Smiatacz, Kroniki Pandemii: lata
2020-2021, ACADEMIA - magazyn Polskiej Akademii Nauk 4(68) 2021 pp. 1-118,
DOI:10.24425/academiaPAN.2021.140621
-
J. Duszyński, A. Afelt, M. Kossowska, A. Ochab-Marcinek, R. Owczuk, W. Paczos, A.
Plater-Zyberk, K. Pyrć, M. Rosińska, A. Rychard, T. Smiatacz, Chronicles of a
Pandemic, ACADEMIA - The magazine of the Polish Academy of Sciences 4(72) 2021
pp. 1-120
GitHub
Patenty
- A. Lewandrowska, A. Majcher, M. Tabaka, A. Ochab-Marcinek, R. Hołyst Sposób wyznaczania
współczynnika dyfuzji D substancji chemicznej w buforze
TRIS (Method for determining chemical diffusion
coefficients in the rolled capillary at high flow
speed) patent nr 220250 (Urząd Patentowy RP), zgłoszenie 10.8.2012, patent przyznany
4.12.2014
Popularyzacja
Anna Ochab-Marcinek,
Porządek z przypadku, Academia, magazyn Polskiej Akademii Nauk, 4/11(28) Wywiad radiowy:
Wieczor Odkrywcow, Polskie Radio 1, 9.7.2011 Wywiad radiowy: Radiowa
Akademia Nauk, Radio TOK FM, 2.3.2011
Teksty popularno-naukowe dla Tygodnika
Powszechnego:
- Anna Ochab-Marcinek, Klucz do komórki, Tygodnik Powszechny Nr 2 (3209), 9.1.2011
- Anna Ochab-Marcinek, Geniusz z Wrocławia, Tygodnik Powszechny Nr 1-2 (3104-05),
4-11.1.2009
- Anna Ochab-Marcinek, Patent hochsztaplera, Tygodnik Powszechny 50 (3101) 14.12.2008
- Anna Ochab-Marcinek, Doktorat z telepatii, Tygodnik Powszechny 45 (3096) 9.11.2008
- Anna Ochab-Marcinek, Więcej niż mrówek, Tygodnik Powszechny 37 (3088) 14.9.2008
Blogi popularno-naukowe
Więcej informacji w dziale cv.
|